Hanya ada satu catatan keberadaan tapir di bagian utara Danau Toba yaitu di Pangkalan Berandan. Tapir umumnya dijumpai pada hutan dataran rendah, tetapi beberapa catatan menunjukkan kehadirannya pada daerah sampai ketinggian 2.000 meter, seperti di Gunung Tujuh (Taman Nasional Kerinci Seblat).
Tapir bisa dijumpai di hutan primer, sekunder, campuran, kebun karet. Beberapa catatan menunjukkan kehadirannya di kebun sawit dan melintasi pemukiman penduduk ataupun kamp petugas di PHPA.
