Telah menyelesaikan PhD, dengan disertasi berjudul Religious Peacebuilders: The Role of Religion in Peacebuilding in Conflict Torn Society in Southeas Asia, dengan mengambil studi kasus Mindanao (Filipina Selatan) dan Maluku (Indonesia).
Dikancah nasional publik mengenalnya sebagai intelektual dan politikus muda. Pernah menjadi Direktur Eksekutif MAARIF Institute (2005-2009).
Selain menjadi Direktur eksekutif The Indonesian Institute (TII), ia aktif menulis berbagai Media Nasional, seperti Kompas, Tempo, Republika.
Raja Juli Antoni juga pernah menjadi Ketua Umum Pengurus Pusat ( PP ) Ikatan Pelajar Muhammadiyah (IPM).
Dia sempat menjadi calon Ketua Umum PP Muhammadiyah periode 2015-2020, namun kemudian mengundurkan diri karena ingin berkonsentrasi sebagai Sekjen PSI.
